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为规范工资保证金管理流程，《实施办法》对存储协议的签订、备案制度、动用程序、限期补足、资金返还、账户注销等方面制定了完整详细的流程规范，工资保证金账户的开立、备案、撤销办理流程更加简化，并就相关程序性文书制作了模板，方便企业操作。
此外，《实施办法》重点强调了工资保证金专款专用，杜绝保证金违法违规使用的情况，明确规定，工资保证金除用于清偿或先行清偿拖欠工资外，不得用于其他用途。除法律另有规定外，只能为本项目提供劳动的农民工支付工资，不得因其他原因被查封、冻结或划拨。保证金账户管理形成完整严密的闭环，政府部门只行使监管权力，不涉及任何收费。一旦发生农民工工资拖欠，如果施工总承包企业拒不履行行政处理决定，经办银行或担保、保险机构需按照本市人力资源社会保障部门出具的《农民工工资保证金支付通知书》，将拖欠工资直接支付给农民工本人，除此之外监管部门均无权启用和调配账户资金，从制度上杜绝保证金随意支取、挪用问题。
据介绍，2008年，北京市在全国率先建立了工资保证金制度。2018年，在全国率先实施保函替代现金存储，尽量减少企业资金占用，累计为2671家施工企业释放资金压力17.75亿元。2020年新冠肺炎疫情发生以来，北京市累计为1400家符合保证金撤销条件的施工企业办理了撤销账户手续，涉及金额7.43亿元；免去分包企业办理保证金义务，涉及金额9亿余元。今年1-8月，全市人力资源社会保障部门以“接诉即办”为主抓手，将解决拖欠工资问题纳入“每月一题”重点民生问题解决督办机制，全市共查处拖欠工资案件4860件，为13517名劳动者追发工资16669.53万元。其中查处拖欠农民工工资案件3027件，为7321名农民工追发工资12286.51万元。